В документах 1919-1920 годов была сформулирована основная идея лагерного содержания – работа "по изоляции вредных, нежелательных элементов и приобщение их путем принуждения и перевоспитания к сознательному труду".
Главное управление исправительно-трудовых лагерей (первоначально – Управление лагерей, УЛАГ) было образовано в СССР в 1930 году как система собственных лагерей Объединенного государственного политического управления (ОГПУ).
Известный математик Николай Сергеевич Кошляков, арестованный в конце 1941 года в блокадном Ленинграде по делу «Союза старой русской интеллигенции» и приговоренный к расстрелу, замененному на 10 лет лагерей, написал в заключении две важные исследовательские работы по вопросам аналитической теории рационального и квадратичного поля, а также трансцендентных функций, определяемых обобщенным уравнением Римана.
После этого его этапировали в Москву и перевели на работу в «шарашку».
Академик Иван Васильевич Обреимов, основавший и возглавлявший до ареста харьковский физтех, находясь в заключении во Внутренней тюрьме на Лубянке, работал над монографией «О приложениях френелевой дифракции к физическим и техническим измерениям».
Законченный в декабре 1939 года труд был сдан в следственную часть НКВД СССР. В ноябре 1940 года Обреимов был осуждён на 8 лет исправительно-трудовых лагерей. Отправлен в лагерь в Котлас, где трудился грузчиком. В 1946 году за указанную научную работу удостоен Сталинской премии.
Юрий Васильевич Кондратюк (А.И. Шаргей), еще до революции рассчитавший оптимальную траекторию полёта к Луне (его расчеты были использованы NASA в лунной программе «Аполлон»), в июле 1930 года был арестован по обвинению в контрреволюционном вредительстве.
Отбывая наказание в Новосибирской шарашке, он подготовил вместе с Горчаковым научно-технические предложения на конкурс по проектированию Крымской ветроэлектростанции. Об освобождении победителей этого конкурса из заключения лично просил нарком Серго Орджоникидзе.
Аристид Иванович Доватур, возглавлявший в 50-е-60-е годы кафедру классической филологии ЛГУ, в 1937 году был заключен на 10 лет в лагерь, где продолжал заниматься научной деятельностью.
Родные присылали ему под видом иностранных романов книги на греческом и латыни (с переводом титульного листа), по которым он подготовил великолепные научные работы о Геродоте, Ариовисте, Оргеториге и др.
Выдающийся орнитолог Григорий Иванович Поляков, передавший в дар Зоологическому музею МГУ орнитологическую коллекцию в 37 сундуках, в 1927 году был осужден коллегией ОГПУ и отправлен отбывать наказание в Соловецкий лагерь особого назначения, где заведовал биологической станцией, занимался описанием орнитофауны островов и кольцеванием птиц.
Часть его рукописей, в том числе о соловецкой чайке, как подвиде серебристой, гнездовых колониях гаг, и др., остались в лагере и были утеряны.
Генетик Николай Владимирович Тимофеев-Ресовский, приговоренный после войны за измену родине к десяти годам лагерей.
Работал на Урале в секретной лаборатории «Б» над проблемами радиационной генетики, став по результатам исследований одним из основателей ядерной медицины.
Генерал-майор Петр Августович Гельвих, основоположник русской школы теории артиллерийской стрельбы, в 1941 году стал лауреатом Сталинской премии. В 42-м – награжден орденом Ленина. А в 44-м был арестован как немецкий шпион и более восьми лет находился в тюрьме без суда и следствия. Все это время он продолжал заниматься научной деятельностью.
Не мог заснуть, когда нечем было записать формулы. И заметим, – все время, пока ученый находился в заключении, курсанты военных училищ продолжали осваивать артиллерийское дело по его учебникам.
Следователь обзывал Гельвиха шпионом, а он продолжал работать над совершенствованием артиллерийских систем. Единственным его желанием в последние годы было передать свой труд из тюрьмы в надежные руки.
Когда в марте 1952 года состоялся суд над ним, по воспоминаниям секретаря Военной коллегии Лисицына, Гельвих после провозглашения приговора высказал лишь одну просьбу: Прошу передать в Академию наук подготовленные мной за время нахождения в тюрьме разработки, касающиеся усовершенствования артиллерийского дела.